知识分子何以被称为“第九种人”，这要追溯到13世纪的元帝国时期。中国虽然是一个等级制社会，但历朝历代的政府并没有象印度那样明文划定公民的社会等次。由政府出面用文件形式界定帝国公民社会等次则是元帝国的独创。

蒙古蛮族入主中国后，依据和蒙古人亲疏关系的远近及当亡国奴的“资历”，把帝国臣民分为四等：

第一等是蒙古人;

第二等是色目人(中亚细亚人);

第三等是“汉人”，即金帝国所属的中国人;

第四等是“南人”，即南宋帝国所属的中国人。

上述的等级划分是粗线条的，元政府又依职业的性质，把帝国臣民更细致地划分为10级：

一、官(政府官员);

二、吏(不能擢升为官员的政府雇员);

三、僧(佛教僧侣);

四、道(道教道士);

五、医(医生);

六、工(高级工程技术人员);

七、匠(低级手工技术人员);

八、娼(妓女);

九、儒(知识分子);

十、丐(乞丐)。

一向在中国传统社会最受尊敬的儒家知识分子，竟然被划分到社会的最底层，比儒家所最卑视的娼妓都不如，仅只稍稍胜过乞丐。其实连乞丐也比不上，因为乞丐的人身安全是有保障的，知识分子则随时有生命危险，政府一不高兴就拿他们的脑袋开玩笑……

蒙古政府何以如此蔑视并仇视知识分子?中国传统的知识分子是科举制度的产物，是科举考试选拔出来的“人才”，包括科举及第和为科举考试作准备的人士。在蒙古故土的沙漠地区，每一个人，包括妇女儿童，都要从事生产劳动。在他们有限的知识领域内，实在想不通世界上还有专门读书和专门做官的这种行业。所以他们极端瞧不起知识分子，也仇视造就知识分子的科举制度，并在统治前期取消了这一制度。没有了科举制度，知识分子的特长便无法施展，他们又没有其它的技能，处境日益被动，最终沦落为连娼妓都不如的“贱民”。在蒙古人眼中，妓女能创造财富，可知识分子则是彻头彻尾的寄生虫，除了读书做官外什么也不会作。

文革时，知识分子排在“地、富、反、坏、右、叛徒、特务、走资派”之后成为第九位改造对象，因此被称作“臭老九”。

“臭老九”是历史形成的民间说法。建国初期起，“地(主)、富(农)、反(革命)、坏(人)、右(派)”这五类人是国家要进行改造的对象。而文革开始后，又有“叛徒、特务、走资派”也加入改造对象的类别中。

随着文革影响的扩大，知识分子也成为改造对象。因此知识分子也就排在了“地、富、反、坏、右、叛徒、特务、走资派”八类改造对象之后，作为第九类需要进行批判改造的对象，所以就把知识分子称为“臭老九”了。